被野蛮人们抬回去之后，其实就已经知道了事情的真相——原来云玛玛是个非常邪恶的拥有强大力量的宝可梦，它身上的智慧之石，是很早以前被遗留下来的神器之一，通过智慧之石，云玛玛成为了整个世界的统治者，并且做出非常邪恶而可怕的事情。宝可梦们还有人类都生活得很凄惨。后来一只上古喵喵宝可梦，偷走了它的智慧之石，并且联合其他的宝可梦们一起粉碎了它。智慧之石无法完全被毁灭，于是他们将其做成了6个不同的碎片，藏在一些重要的迷宫当中。最后，大家齐心协力，将云玛玛引诱到了遗迹洞穴当中，通过上古留下来的电子监牢，将它困在了里面。可是，在这个过程当中，上古喵喵也因为对抗云玛玛而牺牲了。所以后来这个世界上的人们和宝可梦们，才将上古喵喵作为守护神来进行膜拜。和平来到了世界上，持续了很多很多年，直到他们的到来。皮卡丘和火箭队，不但给当地的人们带来了【喵喵】，同时也带来了皮卡丘。见到具有放电能力的皮卡丘，当地人将其视为不祥之兆，因为云玛玛就是具有放电能力的可怕存在。而现在，皮卡丘将云玛玛放了出来，而且还帮助它拿回了智慧之石。这个世界上，已经没有人能够对付它了！……“可恶！原来云玛玛才是最大的反派！！”佐藤礼子愤恨地说。上杉昇也是同样的表情，只觉得自己幼小的内心受到了伤害。被一直以来都很信任的同伴给背叛，这样的事情真的是糟糕透了。不过呢，好在喵喵也已经回到了阵营当中，一切看起来都会回复最初的模样。失去了云玛玛之后，皮卡丘也失去了变身的能力，从现在开始，已经无法再使用其他的宝可梦变身作战了。唯一一个可以使用的只有皮卡丘。哦不，还能使用喵喵。就这么两个宝可梦可以选择任何一个切换成为主视角进行冒险和战斗。好在游戏并没有到此结束，经过一番探索之后，当地的居民们给了他们新的希望。虽然现在的云玛玛获得了智慧之石，可是它很快就要回到最开始的那个【遗迹洞穴】当中举行最后的仪式，通过智慧之石来开启时空之门。一旦它成功了的话，就能够任意穿梭不同的时空，最终成为所有宝可梦宇宙的主宰。所以他们必须得阻止云玛玛才行。在神官府邸的后面，有着一个上古时期遗留下来的神秘遗迹，如果能够进入到其中，找到另外一个神器：神之衣的话，就能够击败云玛玛。神之衣是专门为喵喵所打造的，也就是当年那个上古喵喵偷取智慧之石时所用的物品。玩到这里，两个小伙伴们又兴奋了起来。……众人进入到了神官遗迹当中，经过了一番冒险和解谜，最终终于找到了那个所谓的神之衣。穿上神之衣之后的喵喵，看起来就像是变了一只猫一样。整只喵的身上散发着金色的光芒。不知道为什么，佐藤礼子和上杉昇总有一种在看圣斗士之喵的既视感。在获得神之衣之后，上古喵喵的影像也浮现了出来，似乎早就已经预料到会有一天有人到这里来，上古喵喵表现的极其平静，虽然只是个死去之后留下来的残影，不过也会为了他们的到来感到欣慰。“如果你们来到了这里，就说明可怕的事情还是发生了。”它低头看了一眼喵喵，再看了看皮卡丘。“想要打败云玛玛的话，就必须得有足够的觉悟才行，有些时候如果事情失控，并不见得是一件坏事。”说完，它的视线最终落到了喵喵的身上。“见到你真的很开心。”喵喵仰着大脸，也是甜腻地叫了一声，“我也是。”“一切都将取决于你，喵喵，你做好觉悟了吗？这并不是一趟什么轻松的旅程，甚至还有可能搭上性命。”哎？在这一刻，喵喵愣住了。这么危险的吗？上杉昇和佐藤礼子的心中也是同样的疑惑。……众人于是再次前往遗迹洞穴当中，阻止云玛玛最后的行动。整个游戏到此为止，形成了一个完美的闭环。从遗迹洞穴开始，最后又回到了这个地方，看起来就像是一个圆环一样。上杉昇和佐藤礼子都不由得颤栗起来，只觉得pokeni的设计有一种特殊的魔力。只不过故地重游之后，一切都已经物是人非，当年放出来的云玛玛还是大家的好伙伴，也正是因为有它的存在，才能够体验到不同的宝可梦的能力和乐趣。而现在，云玛玛站到了对立面上。没有了它的能力之后，唯一能做的，就只有依靠皮卡丘和喵喵自己的力量来解决它。可是，当众人赶到的时候，时空之门已经开启了，似乎变得有些晚。不过大家依然没有放弃，众人在遗迹洞穴的底下跟云玛玛展开了激烈的战斗。这场战斗是真的很难，有史以来最难的一场战斗。